水環(huán)境監(jiān)測(cè)分析的方法主要有化學(xué)法、物理法和生物法等三種。前兩種方法是環(huán)境監(jiān)測(cè)部門(mén)常用的方法?；瘜W(xué)方法有化學(xué)分析法和儀器分析法兩種?；瘜W(xué)分析法是基于物質(zhì)的化學(xué)性質(zhì)，適用于常量分析。設(shè)備簡(jiǎn)單，精度高，但操作比較耗時(shí)；儀器分析方法是基于物質(zhì)的物理或物理化學(xué)特性。使用特定儀器進(jìn)行分析。常用的有比色分析、分光光度分析、原子吸收光譜分析、色譜分析、電位分析、極譜分析和質(zhì)譜分析等。這些方法適用于快速分析和微量分析，但設(shè)備昂貴，樣品預(yù)處理較復(fù)雜，無(wú)法進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)分析。物理方法（如遙感技術(shù)）一般只能用于定性描述，必須與化學(xué)方法相配合，才能快速、大范圍地描述水體狀態(tài)。

生物法是根據(jù)生物體對(duì)環(huán)境的適應(yīng)原理，通過(guò)測(cè)量水生生物的變化來(lái)間接判斷水質(zhì)。比較常用的方法有：

1.指示生物法。指示生物是指生活在一定水環(huán)境中，當(dāng)水環(huán)境質(zhì)量發(fā)生變化時(shí)，會(huì)敏感地表現(xiàn)出受害癥狀甚至消亡的生物。觀察和測(cè)量指示生物和種群的變化，可以更準(zhǔn)確地判斷出環(huán)境質(zhì)量狀況。

2.群落結(jié)構(gòu)法。群落結(jié)構(gòu)是指自然界中一定范圍（或區(qū)域）內(nèi)存在的、相互依存的一定種類(lèi)的動(dòng)植物和微生物的組成。監(jiān)測(cè)這種水生生物群落結(jié)構(gòu)的變化可以確定水質(zhì)狀況。

3.生物測(cè)試法。也就是說(shuō)，水生生物被污染物毒害后，通過(guò)生理機(jī)能變化的癥狀來(lái)判斷水體污染狀況。

4.殘毒測(cè)定法。生物從環(huán)境中吸收各種污染物，通過(guò)體內(nèi)遷移、轉(zhuǎn)化和再分配，以殘毒的形式在生物體內(nèi)積累。

生物體內(nèi)的殘毒含量往往比周?chē)h(huán)境中的相應(yīng)含量高好多倍。測(cè)定生物體內(nèi)的殘毒含量，可判斷水受污染的狀況。

近20年來(lái)，我們結(jié)合部分常規(guī)水質(zhì)監(jiān)測(cè)和環(huán)境影響評(píng)價(jià)的現(xiàn)狀監(jiān)測(cè)，在珠江三角洲出?？陂T(mén)、山區(qū)水庫(kù)、三角洲河網(wǎng)、伶仃洋等水域?qū)嵤┡c水質(zhì)監(jiān)測(cè)同步的生物監(jiān)測(cè)、魚(yú)類(lèi)調(diào)查和蠔業(yè)生產(chǎn)調(diào)查。利用生物群落結(jié)構(gòu)、生物多樣性指數(shù)和水質(zhì)指示生物的特性，總結(jié)出適合珠江三角洲的生物監(jiān)測(cè)的方法，評(píng)價(jià)水質(zhì)污染程度。我們還合理地運(yùn)用各種新型分析儀器和技術(shù)，形成了與水環(huán)境相關(guān)的水生動(dòng)物、水生植物、底棲動(dòng)物、著生生物、生物體殘毒的監(jiān)測(cè)分析能力，積累了大量的經(jīng)驗(yàn)和寶貴資料。

同時(shí)，我們也關(guān)注到國(guó)內(nèi)已有許多學(xué)者在利用生物方法監(jiān)測(cè)水環(huán)境方面做了大量的嘗試。如黃河蘭州段：底棲動(dòng)物的種群分布和變化規(guī)律及與其相關(guān)的化學(xué)指標(biāo)和水文特點(diǎn)的關(guān)系，總結(jié)出水生生物消長(zhǎng)規(guī)律，對(duì)黃河蘭州段水質(zhì)進(jìn)行生物學(xué)評(píng)價(jià)；蘇州河：著生生物群落結(jié)構(gòu)的生態(tài)學(xué)變化與水質(zhì)的關(guān)系；黃浦江：著生藻類(lèi)群落在水質(zhì)監(jiān)測(cè)中的應(yīng)用，利用著生生物群落動(dòng)態(tài)變化監(jiān)測(cè)水質(zhì)的研究等等。我們樂(lè)意與各地同行交流切磋，使生態(tài)學(xué)理論與環(huán)境監(jiān)測(cè)技術(shù)方法密切結(jié)合，篩選出適合本地水域的指示生物和群落生物學(xué)指標(biāo)，建立生態(tài)監(jiān)測(cè)指標(biāo)體系，使水質(zhì)監(jiān)測(cè)手段更加完善。